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Docteur en sciences économiques, Sophie Julien s'oriente vers une carrière administrative en 2002 en rejoignant le rectorat de l'académie de Créteil où elle est chargée du contrôle de gestion et de la mise en œuvre de la LOLF - importante refonte du cadre d'exercice des finances publiques - dans les services académiques.
En 2006, elle exerce les fonctions de secrétaire générale adjointe de l'université Paris-Est Marne-la-Vallée dans le secteur du développement territorial et du patrimoine immobilier. Puis, elle devient directrice générale des services de l'université à la faveur de la création du PRES de l'est francilien. Elle contribue à la réussite du passage aux responsabilités et compétences élargies de l'université au 1er janvier 2009.
En 2012, Sophie Julien intègre l'administration centrale du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Elle est responsable du département des contrats de sites au sein de la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle (DGESIP).
Dans le nouveau cadre législatif défini par la loi n°2013-660 du 22 juillet 2013 relative à l'enseignement supérieur et à la recherche, il s'agit pour l'Etat de conclure des contrats avec les établissements et les sites, au sens de regroupements territoriaux d'établissements d'enseignement supérieur et de recherche. Ce contrat est le produit du dialogue entre l'Etat et les établissements qui confrontent leurs attentes respectives en matière de politique publique d'enseignement supérieur et de recherche, en tenant compte de l'ensemble des moyens disponibles. Il engage les deux parties sur une durée de cinq années et comporte un certain nombre de jalons annuels auxquels sont associées des indicateurs de performance.